H εκκλησία της Αγίας Πελαγίας είναι ένα ιστορικό κτίσμα του 13ου αιώνα το οποίο απέχει μόλις 1 χιλιόμετρο από το ξενοδοχείο μας.

Αποτελεί μετόχι της μονής Σαββατιανών και βρίσκεται στην κοίτη ενός χειμάρρου που καταλήγει στην παραλία της Αγίας Πελαγίας. Μονή Αγίας Πελαγίας Αχλάδας

Η εκκλησία μπορεί να μη βρίσκεται πλέον σε λειτουργία αλλά μπορείτε να την επισκεφθείτε. Είκοσι περίπου μέτρα νοτιοδυτικά της εκκλησίας υπάρχει ένα μικρό υπαίθριο πατητήρι, που χρησιμοποιούσαν οι μοναχοί για την παραγωγή κρασιού. Επιπλέον χρησιμοποιούσαν σαν αχυρώνες κάτι μικρά σπήλαια, μέσα σε πετρώματα από ψαμμίτη, που βρίσκονταν σε μικρή απόσταση δυτικά της εκκλησίας.

Ο εορτασμός της Αγίας Πελαγίας (8 Οκτωβρίου) ήταν ιδιαίτερα σημαντικός ήδη από τα χρόνια της Ενετοκρατίας. Από τα τέλη του 19ου αιώνα, χιλιάδες πιστοί κατέφθαναν από όλη την Κρήτη για να προσκυνήσουν και στη συνέχεια να γλεντήσουν στο μεγάλο πανηγύρι, που γινόταν προς τιμήν της Αγίας. Κατά τη διάρκεια του πανηγυριού, πολλοί ήταν αυτοί που έχωναν τα σώματα τους κάτω από την «ευλογημένη» άμμο της παραλίας, πιστεύοντας ότι έτσι θα θεραπεύονταν από τις διάφορες ασθένειες.

Στο βορειοδυτικό άκρο της παραλίας και κάτω από τα ερείπια του Πρυτανείου της αρχαίας Απολλωνίας, υπάρχει ένα μικρό εκκλησάκι το οποίο φέρει το όνομα της Αγίας. Το εκκλησάκι αυτό είναι ακόμα γνωστό και ως Εύρεση, καθώς στο σημείο εκείνο σύμφωνα με την παράδοση, βρέθηκε η εικόνα της Αγίας Πελαγίας. Κάθε χρόνο πραγματοποιείται λιτανεία της εικόνας από τον ηγούμενο της μονής Σαββατιανών, ως το σπήλαιο-προσκυνητάρι της Εύρεσης.