Η αρχαία Απολλωνία αποτελεί σήμερα τον σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο στην περιοχή της Αγίας Πελαγίας.

Πολλά από τα αρχαιολογικά ευρήματα έχουν βρεθεί γύρω από το ακρωτήρι Σούδα, το οποίο απέχει μόλις 500 μέτρα από το ξενοδοχείο μας. Το ακρωτήρι προσφέρει εξαιρετική θέα σε όλον τον κόλπο της Αγίας Πελαγίας, ενώ υπάρχει και ορατότητα στο άνοιγμα που κάνει ο κόλπος προς το Κρητικό πέλαγος. Η αρχαία Απολλωνία

Οι πρώτες έρευνες στην περιοχή ξεκίνησαν από τον Ιταλό αρχαιολόγο Antonio Taramelli, οι οποίες έφεραν στο φως κατάλοιπα αρχαίων λιμενικών εγκαταστάσεων και υδατοδεξαμενών. Μέσα στα επόμενα χρόνια, οι ανασκαφές συνεχίστηκαν στο ακρωτήρι Σούδα, με υπεύθυνο τον Στυλιανό Αλεξίου. Οι νέες ανακαλύψεις επιβεβαίωσαν την υπόθεση ότι στην ευρύτερη περιοχή της Αγίας Πελαγίας, υπήρχαν εγκαταστάσεις οι οποίες προέρχονταν από την Ελληνιστική εποχή, γεγονός που οδήγησε αργότερα στο να ταυτιστεί η Αγία Πελαγία με την πόλη της αρχαίας Απολλωνίας.

Το σημαντικότερο ίσως από τα αρχαιολογικά ευρήματα ήταν ένα μεγάλων διαστάσεων κτιριακό συγκρότημα, το οποίο ταυτίστηκε με το Πρυτανείο της πόλης. Στο πρυτανείο αυτό συναθροίζονταν οι τοπικοί άρχοντες και αντάλλασσαν απόψεις και λάμβαναν αποφάσεις σχετικά με τη διοίκηση της περιοχής. Επιπλέον, ήταν υπεύθυνοι για την εκτέλεση των αποφάσεων που έπαιρναν μαζί με τη Βουλή, ενώ έλεγχαν και την απονομή της δικαιοσύνης. Το πρυτανείο αποτελούσε παράλληλα και Ανδρείο· χώρο δηλαδή που φιλοξενούσε σημαντικές δημόσιες εκδηλώσεις και συσσίτια.